Die weitaus größte Sammlung des Jüdischen Museums Wien ist die der Israelitischen Kultusgemeinde, die ihren Bestand 1992 dem Museum als Dauerleihgabe übergeben hat. Dabei handelt es sich allerdings nur zu einem Teil um eine Sammlung im klassisch musealen Sinne, nämlich um den Restbestand des weltweit ersten Jüdischen Museums, das 1895 in Wien gegründet worden war. Als es 1938 von der Gestapo beschlagnahmt wurde, wies sein Inventar 6474 Objekte auf, die ins Völkerkundemuseum und in andere Wiener Institutionen überführt wurden. Zu Beginn der 1950er Jahre wurde der Großteil der Bestände an die IKG Wien restituiert, etliches aber auch erst in den 1990er Jahren. Heute können wir 3517 Objekte des ersten Museums in unseren Beständen identifizieren.
Der zweite Teil des IKG-Bestandes ist eher als Einsammlung denn als Sammlung zu verstehen. Es handelt sich dabei um Kultobjekte, die in den ehemals zahlreichen Wiener Synagogen und Bethäusern sowie in jüdischen Gemeinden der Bundesländer in Verwendung standen, aus der sie 1938 buchstäblich herausgerissen wurden. Sie sind daher nicht nur Zeugen der glanzvollen Geschichte des österreichischen Judentums, sondern, indem sie heute in einen musealen Zusammenhang gezwungen sind, auch Zeugen ihrer Vernichtung. Auch viele Privatpersonen gaben liturgische Objekte wie auch persönliche Memorabilien vor ihrer Deportation in der Kultusgemeinde ab. Dieser Bestand gemahnt daran, was diese Objekte jenseits aller Ästhetik und jenseits aller historischen Sensation auch sind: Dokumente von Zerstörung und Entmenschung.
