Die Schwedische Israelmission, die ursprünglich mit dem Ziel gegründet war, Juden und Jüdinnen zum Protestantismus zu bekehren, leistete im Ersten Weltkrieg und in der Zwischenkriegszeit Unterstützung für die hungernde Bevölkerung. Ab 1933 halfen sie Juden und Jüdinnen, aus dem „Deutschen Reich“ zu fliehen, ab 1938 aus dem ehemaligen Österreich. Nachdem im Dezember desselben Jahres die ersten Kindertransporte nach Großbritannien abgefahren waren, schickten auch sie an die 100 unbegleitete Minderjährige nach Schweden. 1941 wurde die Schwedische Israelmission von den Nationalsozialisten geschlossen und die Mitarbeiter und Mitarbeiterinnen gingen nach Schweden zurück. Ilse Aichinger erlebte dies als feigen Verrat. Für sie und ihre Mutter wurde es nun immer gefährlicher in Wien. Ilse – die als „Mischling“ galt – gelang es, ihre Mutter bis zum Kriegsende zu schützen. Die Deportation der Großmutter Gisela und derer beiden Kinder Erna und Felix Kremer am 6. Mai 1942 konnte sie nicht verhindern. Keiner von ihnen überlebte.
Währenddessen versuchte Helga, sich in England zurecht zu finden. Ein Anker war ihre Tante Klara Kremer, die seit Anfang des Jahres in Großbritannien war und bereits beim Arrangement des Kindertransports geholfen hatte. Weiteren Halt fand sie bei der österreichisch-kommunistischen Jugendgruppe Young Austria, wo sie ihren zukünftigen Mann Walter Singer kennenlernte. Noch während des Krieges heirateten die beiden und bekamen ein Kind, ließen sich aber nach dem Krieg scheiden. Vermutlich auch über Young Austria und das übergeordnete Free Austrian Movement befreundete Helga sich mit Veza und Elias Canetti, Erich Fried, Anna Mahler oder Hilde Spiel.